维吾尔族祖先，公元前５世纪前就游牧、农耕于中国北方和西北贝加尔湖以南、额尔齐斯河和巴尔喀什湖之间、天山南北及塔里木河流域，经常遭受自然灾害的威胁。因此，早已懂得利用一些自然因素来处理简单的疾病。如用粘土、蒜汁和草香涂于肢体来预防害虫，用温泉浴、披兽皮和灼热的细沙埋肢体来解除关节疼痛，用放血减轻沙漠干热性头痛。

　　古代维族祖先的医药学基本理论早已在公元前４世纪前形成，认为整个自然以至整个宇宙的基础是由火、气、水、土四要素的矛盾和组合而构成；而人的生命是由自然界中四要素的组合才得以形成，同时也是在其经常的、直接的影响下才能得以维持的。这一唯物的自然观，后来被古希腊医生希波克拉底所接受，成了他整个医学观点的基础。古希腊医学著作被译成阿拉伯语以后，其四要素学说就正式成为以后时期的阿拉伯医学、中亚医药学的基础理论。西汉张骞出使西域，带回了许多西域药材，其中包括胡桃、胡蒜、胡豆、石榴、红花、葡萄等。中原最早的药物学专著《神农本草》就收载葡萄、胡麻、硫磺、鹿、羊角等西域药材。从《神农本草》到唐代《新修本草》共载８５０种药，其中首次增添的１１４种药物多数是从西域引进的。　　

　　公元８世纪，唐天宝年间，于阗古代维吾尔名医比吉·赞巴·希拉汗应聘入西藏，担任王室侍医，曾将自己所著十余种医书译成藏文献给藏王。藏王赤德祖赞（７０４—７５４年在位）令人将书集中收藏，统一命名为《王室养生保健全书》。希拉汗曾与他人合写３０多部医药著作，他告老返回于阗前曾将有关人体解剖测量的书籍和包括诸论治疗、切脉秘诀等内容的医学巨著《黄色比吉经函》一起献给藏王。这些维医药著作对后来的藏医名著《四部医典》的产生起了很大作用。　　

　　公元９世纪左右的《回鹘医学文献》是反映当时高昌（今吐鲁番）回鹘王朝医学的珍贵资料，其内容包括临床各科疾病、治疗及药方。隋唐时代，古代维吾尔医药曾经兴盛一时。扬州是当时商业城市，西域的僧侣、商人络绎不绝地来到扬州。扬州高僧鉴真和尚为到日本去传教，因几次渡海失败，患眼疾失明，后来请到一位西域回鹘医生给他做了手术后痊愈。由此可见，当时维医已有相当高的外科手术技术。维吾尔著名科学家、哲学家、天文学家、医学家法拉比（公元８７０—９５０年）有医学著作十几部，他以四大物质（四要素）学说论证了自然界和人体生理、病理的变化关系。这不但对推动回鹘医学发展起了重要作用，甚至对阿拉伯医学、中亚医学产生了巨大影响。　　

　　１０世纪新疆处于喀拉汗王朝时期，维族开始信奉伊斯兰教，为此新疆阿图什设立了“麦德日斯·萨其也”（放光）学堂，它是包括医学专科在内的综合性科学院校。该校最著名的维医外科学家伊麻都丁·喀什格日是受人民尊敬的医师，他多次奔赴战场成功地完成了各种外科手术。

　　１２世纪初，西辽政权统治新疆至蒙古时期，和田一位著名的维医学家阿老丁·穆罕木德·和田尼（１１５０—１２２２年）著有治疗精华及法医手抄本一直流传至今。同一时期，维吾尔医名医贾马力丁·阿克萨依的维医专著《阿克萨依》于１８９９年在印度勒克瑙城正式出版，该书是一部国内外享有很高声誉的维医药名著。　　

　　据库车１７世纪维吾尔名医《西日甫·本·佳马力丁·阿吉传》记载：库车著名维医学家胡都优木汗·阿吉（１５６７—１６５８）１６１９年参与《回回药方》３６卷编撰工作。　　

　　明清时期，维医药学知识在汉族中医药著作中有了更多的反映。近代，喀什、和田、吐鲁番地区有过不少有名望的维医药学家，对维医的延续和发展作出了卓越的贡献。　　

　　维医药学在经历了２５００多年的漫长积累后，形成了完整的、独具特色的医药理论体系，为东西方医药学的形成发展作出了重大贡献。